Il Museo, sorto intorno al 1870 come raccolta di pezzi anatomo-patologici a scopo didattico o di ricerca, fa parte integrante della Scuola Medica. Nel corso di oltre un secolo sono stati raccolti oltre 1500 reperti. Notevoli le collezioni di neonati malformati e di calcoli vescicolari risalenti al secolo scorso. Il Museo conserva anche i verbali autoptici di 20.000 riscontri diagnostici eseguiti dal 1884 ad oggi e le tacche di inclusione di paraffina di 500.000 biopsie. Il Museo possiede una biblioteca storica di 6.000 volumi, fra cui le due pregevoli edizioni del Cruveilhier (1845) e le miscellanee originali dei lavori di Angiolo Maffucci (1848-1907) e Antonio Cesaris Daniel (1866-1938).